Durant la Seconde Guerre Mondiale, Hondschoote est au centre de la Bataille de Dunkerque et de la célèbre Opération Dynamo... et en est la victime ! En 1944, les Allemands décident d'inonder tout le territoire pour stopper l'avancée des Alliés. L'eau se répandra jusque dans le centre-ville. Pourtant, malgré ces vicissitudes, la ville retrouve faste et prospérité grâce à l'industrie textile. En effet, les terres fertiles de la région sont particulièrement propices à la culture du lin. Désormais les linicultures peuplent la région et font de Hondschoote l'un des grands centres de production et de transformation des fibres de la belle fleur bleue.